Há alguns problemas em relação a contaminações, que é um dos pontos mais questionados sobre a agricultura, onde essa contaminação é causada pelo uso ofensivo de dejetos de animais no sistema orgânico. Por serem organicamente tratados há boatos falando que esses alimentos podem ser contaminados facilmente, pois não usam agrotóxicos em alguns casos, ou, usam em quantidades desprezíveis.
Assim concluímos que todos os dejetos tanto como no modo de tratamento orgânico dos alimentos quanto no modo de tratamento tradicional tem que ser extremamente limpos e devem ser seguidas as 5 dicas a cima para não ter qualquer tipo de contaminação tanto microbiana quanto parasitária.
